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水族館内には水量7,500トンの世界最大級の大水槽『黒潮の海』を設置するほか、総 展示槽数は77槽。沖縄の海をコンセプトに、イノー（沖縄の方言で珊瑚礁の縁の浅瀬の こと）、珊瑚礁、黒潮の海、深海と様々な海の生物を紹介している。なかでも世界で初め て長期飼育に成功したジンベエザメやオニイトマキエイ（マンタ）が人気の展示となって おり、ジンベイザメは美術館のキャラクターともなっている。また、「サメ博士の部屋」 では、サメについての様々な知識を学ぶことができる他、併設されている「危険ザメの海 」水槽には、沖縄近海にも生息する凶暴な人食いザメの一種であるオオメジロザメやイタ チザメなどのような危険なサメ数種類も飼育されている。2006年3月末の飼育数は7 50種28,000点。
また、隣接施設として入場無料の「イルカラグーン」「オキちゃん劇場」（イルカショー ）「いるかスタジオ」「ウミガメ館」「海の保育園」「マナティー館」がある。正式には 沖縄美ら海水族館とは別施設であるが、この項で取り上げる。
水族館の1階から2階を貫く「黒潮の海」水槽は、37m×27m、深さ10m、水量7 ,500ｔで世界でも有数の大きさを誇る。観客と大水槽を隔てるアクリルパネルは高さ 8.2m、幅22.5m、厚さ60cm、パネル総重量は130トンあり2007年現在 ギネスブック公認の世界最大のアクリルパネルとなっている。
この「黒潮の海」水槽には、ジンベエザメをはじめとする大型のサメやエイなどが回遊し 、来館者の視界いっぱいに水槽が広がる雄大な光景を見せている。ジンベエザメは餌を採 る際に口を水面に向け垂直の姿勢をとるが、成熟すれば全長9メートルに達するジンベエ ザメの尾が水底をこすらないように水槽の深さは10mとされたのである。 この大水槽では餌付けショーが行われるほか、上部から水槽を観察する「水上観覧コース 」（定員制）や水槽に隣接したカフェ「オーシャンブルー」などもあり、美ら海水族館の ハイライトとなっている。
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